戈登·弗里曼搭上了前往17号城市的列车，睡梦中再次见到了G-man，呼唤着他前去战斗，继续扮演拯救世界英雄的角色。列车到站后在月台看到护卫队在严格的检查，大屏电视里播放着布林博士的讲话，他曾是弗里曼的上司，黑山研究基地的负责人。往前走是候车室，穿过检票口，护卫队员会让出一条道路，跟着一个家伙进入一间警卫室，在里面遇到了老相识巴尼，他是黑山基地的同事，如今潜伏在护卫队做卧底。交谈的时候发生状况，弗里曼连忙跑到隔壁的仓库躲藏。

　　由木箱爬到二层平台，从窗户跳到外面的小院，推门进去回到车站大楼。穿过走廊有名护卫队员难为弗里曼，把易拉罐扔在地上让他拾起来，按E键拿取，然后把它放到垃圾筒里。穿过大厅和走廊来到市区的广场，高塔的电视墙还在播放布林的讲话，沿着街道往右转，在胡同里找到一只垃圾箱跳上去，爬梯子跳到一侧的平台，越过栏杆跳到里面的胡同。左侧有护卫队盘查路人，往右走是个死胡同，往左边的门进入一幢居民楼里。

　　楼里又在进行大搜捕，居民们愁眉苦脸又无可奈何，穿出几户民居到达走廊另一端的楼梯间，上楼进入房间，这里是反抗军所在的地方，在他们的掩护下弗里曼往上面的阁楼跑去。身后的敌人紧追不舍，跑出阁楼跳到对面的楼顶，利用烟囱避开敌人的子弹，绕圆塔边沿走过去，继续沿着屋檐跑，在尽头由窗户跳到房间里。下楼梯遇到护卫队，手无寸铁的弗里曼在攻袭下昏迷过去。醒来后看到一位女子，原来她是伊莱博士的女儿爱莉克斯，跟着她一直走进入电梯，稍后来到克莱纳的实验室。

　　第二章：“好日子”

　　克莱纳打算用时空传送机将弗里曼送往伊莱的基地，巴尼赶来后进房间为弗里曼准备好了防护服，不过被克莱纳的宠物拉玛吓了一跳。穿上防护服后到前面墙上的恢复点充荷电能，进入克莱纳打开的铁门进入传送实验室。爱莉克斯首先进行传送，弗里曼站到右墙边的插座前待命，不久插头掉落，用手拾起来将它插好，扳动开关后爱莉克斯成功地传送到了伊莱身边，不过在弗里曼传送时拉玛搞坏了机器，看来只好自已前往黑山基地东区了。

　　开始位于发电场的一处平台，跳下去跑到院落对面找楼梯上去，穿过铁门看到巴尼出现在上面的平台，拾起他扔下来的橇棍，这就是弗里曼最初的武器。往前用橇棍打碎木栅，下楼走一条走廊来到车站，这里要经由列车车厢跳到车站的对面。从断掉的天桥跳下去，迅速往左边跑跳入车厢，用橇棍打碎箱子，从另一边跳落轨道，这时有一辆列车驶来，快速往右跑躲在另一辆列车后，往前跳到另一辆列车，由梯子爬到车厢上方，飞身跳到下一只车厢，由此跃过铁网进入前方的走廊。

　　第三章：运河航道

　　沿着走廊走下楼梯，远方传来呼救声，跑过去看到两名护卫队员正在欺负一对夫妇，上前用橇棍将他们解决掉拾到手枪，沿楼梯一路杀上去来到平台，往前站到梯子上等火车驶过来跳上车厢，在进入隧道前往左跳到平台上。身后这时会有追兵，射杀他们后用橇棍打碎屋门的栅条，穿过屋子到后院，杀掉平台的敌人，绕到屋子一侧找弯曲的铁网翻越过去，沿着铁道旁的平台走到尽头，在一只集装箱的下面找到一条暗道，爬过去到达屏障另一边的平台，由铁网的缺口跳到轨道旁，避开呼啸而过的列车，沿铁路线前行有一处警卫室，台阶上的敌人会推油桶下来，灵巧地躲开后冲上前将他们杀掉，穿出警卫室找到楼梯间上过桥，到达铁路线的对面杀掉伏兵，由楼梯间下去到平台，跳到铁路上沿右侧行进杀掉前面的敌兵，墙边有恢复点和补给可拿。

　　右侧的通道有一条河流，跳下去游到前面有一辆客车，爬到车厢上面由天窗跳到里面，在这里遇到反抗军队员，弗地岗人为弗里曼的防护服补充电能。由打开的车门沿河道前走，前面堆放着零乱的垃圾，沿途用橇棍清除障碍，然后遇到一种藤壶怪的东西，碰到垂下的细绳会被它粘住吸食，对付的方法是往上面投掷箱子等废物，等它吸上去的时候迅速闪过去，当然也可以用枪射击，这样会浪费一些弹药。